Агенты Малдер и Скалли отправляются на полярную станцию на севере Аляски, чтобы расследовать обстоятельства гибели геофизиков, работавших над проектом «Арктический лёд». Здесь им предстоит столкнуться с неизвестным науке древним опасным паразитом, разбуженном полярниками во время их изысканий.
Специальный агент ФБР Дана Скалли получает назначение в неофициальный проект «Секретные материалы» - архив таинственных, нерешённых дел, связанных с паранормальными явлениями. Скалли предстоит работать вместе с Фоксом Малдером - агентом, имеющим сомнительную славу "охотника на зеленых человечков". В своём первом совместном задании Малдер и Скалли летят в Белфлер, штат Орегон, расследовать загадочную смерть ученицы средней школы, на теле которой обнаружены подозрительные красные метки.
Малдер и Скалли расследуют странное исчезновение полковника Роберта Будахаса, военного лётчика-испытателя. Малдер подозревает, что Будахас разделил судьбу шести других пилотов, исчезнувших с авиабазы Элленс после участия в испытательных полётах на экспериментальных самолётах, построенных с использованием технологий НЛО. Таинственный информатор по кличке "Глубокая глотка" предостерегает Малдера от этого дела, однако тот не отступает.
ФБР расследует серию убийств в Балтиморе, имеющих общие признаки: все жертвы убиты в закрытых помещениях, а из их тел вырвана печень. Привлечённый к расследованию агент Малдер сравнивает печатные издания разных лет со статьями о подобных убийствах и находит похожие преступления, повторявшиеся каждые тридцать лет на протяжении всего века.
На берегу озера Окободжи в штате Айова таинственный яркий свет спускается с ночного неба и забирает девочку Руби Моррис из её спального мешка на глазах её младшего брата Кевина. Агент Малдер находит в случившемся сходство с инцидентом, случившемся в собственном детстве, когда пришельцы похитили его сестру Саманту.
Малдер и Скалли расследуют ужасное убийство бездомного, на которого напали и отгрызли руку в лесистой области в пригороде Атлантик-Сити. Малдер полагает, что смерть связана с подобным инцидентом, который произошёл в Нью-Джерси в 1947 году, когда на глазах у семьи мужчина был схвачен и утащен в лес неизвестным существом.
Сотрудники тайного правительственного агентства привлекают отдел "Секретные материалы" к осмотру двух мужских трупов. Жертвы, оказавшиеся членами исламской террористической организации, словно задушены изнутри. Агент Малдер приписывает эти смертельные случаи воздействию психокинетической силы.
